2011年4月25日，珠海大橫琴口岸建設開發有限公司在橫琴新區注冊成立，後為适應新區對口岸資産經營管理和承接跨境電商業務發展等需要，推動口岸公司由項目公司向實業公司轉型發展，打造“口岸綜合開發運營商”，公司于2015年7月1日更名為珠海大橫琴口岸實業有限公司，注冊資本由500萬元變更為5億元。

随着橫琴的開發建設及澳門的快速發展，國内外經橫琴口岸往來橫琴—澳門兩地的人數出現大幅度的增長，而原有的橫琴口岸建設标準較低、相關配套不完善，無法滿足橫琴開發建設和遠期通關的需要，為促進橫琴、澳門兩地經濟建設和發展，橫琴新區于2010年啟動橫琴口岸建設前期工作。因橫琴口岸項目用地與原有口岸用地重合，因此将橫琴口岸及綜合交通樞紐項目分兩期建設：一期工程橫琴過渡期口岸已于2014年12月建設并投入使用，實行24小時通關。二期工程即橫琴口岸主體項目于2016年12月份開工，項目将按照一次性總體規劃、分期實施、自西向東推進有序建設，已于2020年8月18日實現橫琴口岸新旅檢區域的正式開通，預計2023年底完成全面建設。

橫琴口岸主體項目占地面積34.51萬平方米，建築面積約131萬平方米（其中計容建築面積84.43萬平方米），投資總估算約為260億元。主要涵蓋三大功能體系：口岸功能區、綜合交通樞紐功能區、口岸綜合開發：

1、口岸功能區：橫琴口岸的建設将在粵澳創新合作的基礎上，建設成為一個集客流、物流于一體的“大通關”口岸。在橫琴口岸可實現創新旅檢通關模式，減少通關時間，為旅客提供便捷的創新通關體驗；貨物查驗場也可采用創新查驗模式，大幅提升貨車通關速度，為大灣區流通暢保駕護航。

2、綜合交通樞紐功能區：強化交通樞紐設施建設，引入以公共交通、軌道交通為主導的交通疏解概念，建立立體化、多層面的交通體系。實現無縫換乘和便捷通關的同時，為整個口岸地區及橫琴片區提供良好的交通設施保障。交通設施可滿足旅客年通關量8000萬人次，日通關量22.2萬人次；滿足貨車日通關量2800量。

3、口岸綜合開發區：完善口岸配套服務設施，提升口岸整體服務品質，創新口岸與地塊開發聯合的運營機制，建設以粵澳合作為背景、口岸為載體、自貿産業為先導、便捷交通為保障的新型口岸綜合開發項目。

目前，口岸公司業務開展主要為三大版塊：一是新口岸建設與商業招商營銷工作；二是橫琴口岸的運維與經營工作，包括物業管理、設備維保及廣告、商鋪、停車場等資産經營；三是跨境電商業務配套方面，包括橫琴購口岸商業廣場、跨境電商監管中心、天建保稅倉儲配套服務中心等。9年來，口岸公司基本形成了以口岸建設為中心、以口岸運維為重點、以口岸商貿為平台的“一中心、一重點、一平台”經營發展格局，“三個一”的經營生态是既相對獨立,又相輔相成的有機統一體。